祈灵工具箱🧫多肽分子量计算器 - 等电点 pI、消光系数、氨基酸组成与 DNA 翻译
多肽的分子量等于各氨基酸残基质量之和再加一分子水（N 端的 H 和 C 端的 OH）。例如血管紧张素 II（DRVYIHPF）的分子式是 C₅₀H₇₁N₁₃O₁₂，单同位素质量 1045.5345 Da，质谱上 [M+H]⁺ 出现在 m/z 1046.542；甘丙二肽 GA 是 C₅H₁₀N₂O₃，单同位素质量 146.0691。这个工具接受单字母或三字母序列（自动识别，可直接粘贴 FASTA），按元素组成精确计算分子式、单同位素质量和平均分子量（原子量与 ExPASy ProtParam 相同），支持 N 端乙酰化 / 甲酰化、C 端酰胺化和二硫键。等电点按 Henderson–Hasselbalch 方程计算各可电离基团的电荷、用二分法求净电荷为零的 pH，可选 Bjellqvist（ExPASy）、EMBOSS、Lehninger 三套 pKa，并画出净电荷–pH 曲线；以泛素为例，平均分子量 8564.84、Bjellqvist pI 6.56，与 ExPASy 一致。此外给出 280 nm 消光系数（Pace 法：5500·W + 1490·Y + 125·胱氨酸）和 1 mg/mL 的 A₂₈₀、Kyte–Doolittle GRAVY 与滑动窗口疏水性曲线、脂肪族指数、z = 1～10 的 ESI 质谱 m/z 表和氨基酸组成表。另有 DNA/mRNA 三个读码框（可选反向互补链）翻译与最长 ORF 查找，以及含中英文名称、侧链类型、侧链 pKa 和残基质量的 20 种氨基酸表。
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如何使用多肽与氨基酸计算
- 1输入或粘贴氨基酸序列（单字母、三字母或 FASTA），或点一个示例
- 2按需设置 N 端 / C 端修饰、二硫键数和 pKa 数据集
- 3查看分子式、质量、pI、电荷曲线、消光系数、m/z 表和组成；也可在“DNA 翻译”里把核酸序列翻译后送来计算
常见问题
- 多肽分子量怎么算？
- 把每个氨基酸残基（氨基酸脱去一分子水后的部分）的质量相加，再加上一分子水 18.011 Da（平均）或 18.0106 Da（单同位素）。形成一个二硫键要减去 2 个氢（约 2.016 Da），C 端酰胺化质量减少约 0.984 Da，N 端乙酰化增加 42.011 Da。单同位素质量用于高分辨质谱，平均分子量用于配溶液和 SDS-PAGE 对照。
- 等电点 pI 是怎么计算的？为什么各软件结果不同？
- 对每个可电离基团（N 端氨基、C 端羧基、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Cys、Tyr 侧链）按 Henderson–Hasselbalch 方程算出某 pH 下的部分电荷，加起来得到净电荷，再用二分法找净电荷为零的 pH。不同软件采用的 pKa 数据集不同，结果可以相差 0.1～1 个 pH 单位；本工具默认 Bjellqvist 数据集，与 ExPASy Compute pI/Mw 一致，例如泛素算得 6.56。
- 蛋白质的消光系数怎么估算？
- 在 280 nm，蛋白质的吸收主要来自色氨酸、酪氨酸和胱氨酸（二硫键）。Pace 等人 1995 年的公式为 ε₂₈₀ = 5500 × Trp 数 + 1490 × Tyr 数 + 125 × 胱氨酸数（M⁻¹cm⁻¹）。再除以分子量，就得到 1 mg/mL 溶液在 1 cm 光程下的 A₂₈₀，可用于由紫外吸光度测定浓度。不含 Trp 和 Tyr 的多肽在 280 nm 几乎没有吸收，需改用 205 或 214 nm。
- 质谱里的 [M+zH]ᶻ⁺ 峰怎么换算？
- 电喷雾电离（ESI）常使多肽带上 z 个质子，m/z = (M + z × 1.007276) / z，其中 M 是中性分子的单同位素质量，1.007276 是质子质量。例如血管紧张素 II 的 M = 1045.5345，[M+H]⁺ 为 1046.542，[M+2H]²⁺ 为 523.775。工具列出 z = 1～10 的单同位素和平均 m/z。